彭利红教授课题组《JOURNAL OF BIOMEDICAL AND HEALTH INFORMATICS》：CellDialog: A Computational Framework for Ligand-Receptor-Mediated Cell-Cell Communication Analysis

细胞间通讯(cell-cell communication, CCC)协调单细胞的功能以及生物体的发育和稳态，在许多生物过程中发挥着重要作用。如：通过细胞间的通讯，骨髓中的巨噬细胞可促进红血球母细胞成熟，癌症相关成纤维细胞可促进肿瘤进展。通过对疾病发病和进展过程中CCC的全面分析，可有助于理解疾病发生发展机理，进而发现新的治疗线索。

该论文介绍了用于发现细胞通讯的计算框架CellDialog：

基于发送和接收细胞中涉及的配体和受体的联合表达，CellDialog重建了细胞间连接网络。CellDialog首先通过LRI特征提取、特征选择和分类来预测高置信度的LRI。然后，CellDialog通过结合LRI过滤和单细胞RNA测序数据，使用三点估计方法来测量LRI介导的细胞间通讯强度。对CellDialog和其他工具进行了比较分析，发现CellDialog可以有效地解码细胞间通讯。此外，CellDialog还提供热图视图和网络视图，用于细胞间通讯的可视化。总之，CellDialog提供了一个工具，允许研究人员分析细胞间信号转导。

江南大学理学院陈兴、湖南工学院计算机科学与工程学院李泽军为论文的共同通讯作者；湖南工业大学生命科学与化学学院彭利红、湖南工业大学计算机学院熊伟为本论文共同第一作者；该工作得到了国家自然科学基金委等方面的资助。

原文链接：https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/10320445